Объёмы работ по внедрению ЛИС и комплексной МИС в ЛПУ в принципе сопоставимы; полноценная автоматизация бактериологической лаборатории — процесс трудоемкий, поскольку в систему необходимо включать большое количество нормативно-справочной информации и к тому же нужно интегрировать ЛИС с лабораторными приборами, в чём и заключается отличительная особенность автоматизации лабораторий. Этап подключения лабораторного оборудования может занимать значительное время, по его результативности (сколько приборов за какое время подключено) часто судят об успехе проекта в целом, причём скорость внедрения зависит ещё и от производителей оборудования, которые готовят приборы для связи с ЛИС и предоставляют техническую документацию для написания драйверов к ним.
Автоматизация лабораторий и профессиональная деятельность врача. Эксперты не сомневаются в том, что автоматизация лабораторий позволяет сделать диагностику мощным средством в арсенале врачей. Это и оперативность в получении необходимой информации о пациенте и оценке динамики лабораторных показателей, и возможность расширения номенклатуры и количества анализов, и более продуктивная интерпретация результатов за счёт автоматизации обработки данных.
С внедрением ЛИС связывают и более высокий уровень проведения научных исследований в области лабораторной диагностики, появление новых знаний. Что же касается более отдалённых перспектив, то при всех трудностях автоматизации клинико-диагностического процесса они самые радужные. По мере накопления большого количества результатов исследований появятся и новые возможности для анализа прогностической значимости того или иного лабораторного показателя в постановке диагноза, или, например, для выявления корреляций между различными лабораторными показателями и исходом заболевания, или для оценки эффективности различных вариантов врачебной тактики и методов лечения. С накоплением большого объёма цифрового материала мы сможем приблизиться к созданию математической модели заболевания. И путь к этому лежит через использование современных МИС и ЛИС.